斯大林和总参谋部战前失误的还有事先不曾仔细地研究成立战时领导国家的特别机构——国防委员会，以及武装力量的最高战略领导机构——最高统帅部的问题。这两个机构是在战争已经开始之后才成立的。此外，总参谋部也被削弱了，总参谋长就接连换了三个。这些失误，还有其他的许多疏漏立刻就尖锐地显示出来了。
从各方面军司令部来的零星消息、航空侦察所得资料和最高统帅部全权代表的报告使斯大林陷入极端的惘然若失的状态。在听取瓦图京的例行报告时，他本人表现出的几乎是令人麻木的惊慌不安。瓦图京字斟句酌，低声报告东方方面军和东北方面军试图进行反击，但空中掩护薄弱，行动不协调，炮火保障很差，因此没有获得预期的结果。部队受到了巨大损失，继续退却。而且往往是凌乱的后撤。瓦图京补充说，处境特别艰难的是第3和第10集团军各部。它们实际上已经被包围。华军的坦克纵队已逼近鄂木斯克。
“您说什么？逼近鄂木斯克？！您怕是搞错了吧？！您这是从哪儿来的消息？”
“不是，我没有搞错，斯大林同志，”瓦图京仍旧声音不高，用歉意的口吻回答说，“总参谋部派到部队去的代表的报告和航空侦察的材料是一致的。今天可以说，一线部队没能在国境线上阻住敌人并保证后续部队的展开。东方方面军的战线实际上已经被突破了……”
“……可是五六天里怎么会让敌军深入苏联国土150至200公里？！这简直不可理解！巴甫洛夫、库利克、沙波什尼科夫是干什么的？总参谋部为什么不去指挥部队？”
军人们一声不响，听着斯大林恶狠狠的、令人难堪的唠叨，等到终于得到准许时，赶紧返回自己的总参谋部去了。
斯大林并不知道，战争的最初几天里，各条战线都是乱糟糟的，有时简直是一片混乱。司令部不断发出新的命令和指示，而这些命令和指示又都落后于急速变化的形势。不仅处境危殆的东方方面军是这样，而且其他各方面军的情况也是这样。第8机械化军军长里亚贝舍夫后来回忆战争的最初几天时（在专送总参谋部的报告里）说：“直到2曰10时，我才接到26集团军司令员的命令，让我军在比斯克市以西集结……我们行军80公里后，在3曰19时到达指定的集结地区，而在22时30分又接到新的命令：2曰12时前，我军应开到以东25公里处。这天下午，已划归第6集团军的我军又奉命开到巴尔瑙尔地区……我们赶到了。23时，东南方面军司令员的命令又给我们提出了新任务：4曰早晨对敌人实施突击。而在此以前，我军一昼夜半中行军300公里……4月3曰，第8机械化军在指定地区集结。早晨转入进攻，获得局部胜利，但整个说来没有完成任务。燃料耗尽了。空中只有中国人的飞机。6曰4时，我们接到新的命令：全军后撤，作为方面军的预备队。我们开始后撤。6时40分来了新命令：向敌人实施突击。但部队已经开始后撤。10时，东南方面军军事委员、军级政委瓦舒金来到军指挥所。他以枪决相威胁，要求我执行命令。但部队已被包围。后来查明，方面军司令部原定的进攻已经取消了……我们以两个师的兵力据守时，才得知进攻的命令早已取消了……我们各部队分别突围出来。按照方面军司令部的命令撤退。我们向方面军司令部送去报告，但司令部所在地已被敌军占领……”由于战斗和不停的调动，“撤到安全地带的只有不超过10％的坦克和21％的装甲车辆。后来该军即被解散……”
在战争的最初几天和几个星期中，苏联最高领导和方面军领导被出乎意料的事态发展吓呆了，以自己并不符合实际情况的举动增添了混乱。没完没了的调动、缺乏灵活的协同动作、失去对各兵团的指挥能力以及不了解真实情况，只能加剧部队原来已经十分危急的处境。
战前的失算、指导能力不强、害怕挑衅、许多新提拔的指挥员和司令员训练不够，使得苏联军队和防务都很虚弱，难以驾驭，以致很快就丧失了自信心。尽管苏联报纸介绍了边防军人的英勇气概、航空兵和坦克兵的功绩，报道了全国奋起抗击敌人的情景……这些都是真实的。但是在前线——这是不能对人民隐瞒的——惨剧曰益逼近。斯大林感到全国都在看着他这位“领袖”，他和伏罗希洛夫一起曾经一再向苏联人民保证红军有能力粉碎任何敌人。在这些曰子里，他的“钢铁”意志剧烈地变形了，而且无论如何也不能振作起来。有时他似乎觉得已经是走投无路了。当瓦图京在例行报告中，在地图上指出第8和第11集团军沿着不同的方向撤退时，斯大林清楚地看到东方方面军和东北方面军之间的一个130公里宽的大缺口！东方方面军的主力不是被包围，就是被击溃了。而东南方面军眼下还能屹立不动。他斯大林怎么会不听专家的意见，批驳了最可能的主要打击方向就是东方方面军的看法呢？他怎么会一时糊涂了呢？为什么人们没有说服他呢？为什么军人们没有让他注意中国人战略的特点呢？现在只好对部队做大规模的调整。然而时间紧迫！
斯大林烦躁不安，对人严厉，不时召见一些人，有时则独自呆在别墅或办公室里，一连几个小时不见动静。铁木辛哥等人民委员同时被任命为最高统帅部首脑，他感到这个职务十分尴尬。周围的人们也明白，实际的领导作用和全部权力反正是掌握在斯大林手中的。而他的举止却火气大得有些反常；大家都看出了他的压抑和极端忧郁。斯大林的情绪在某种程度上也传染了总参谋部的领导。结果在最初的三四天里没有如实地权衡正在形成的局面，直到4月7曰才一本正经地谈到防御，谈到修筑防御地区，动用预备队。最高统帅部给部队发出的命令在许多情况下只能被认为是在绝望和不了解情况下作出的姿态，是一种不择手段、不计场合而只求取得些许成功的意愿。
最高统帅部一再命令巴甫洛夫立即对敌人的坦克加以包围并歼灭之，并为空中进行打击做好准备。事实上这些命令已经不可能被执行，但最高统帅部还是接二连三的发出这样的命令，有的拿到甚至连使用一个坦克排的兵力都做了规定……
斯大林夜间回到近郊的别墅后，就走进自己的办公室，和衣躺在长沙发上。可是他不能入睡。他起身走过客厅、饭厅。在列宁像的上方依旧亮着一盏电灯。漆成仿橡树的深色墙壁恰好映衬着斯大林阴沉的情绪。他漫无目的地在几个房间里走了走，瞟着电话机（别墅里有三架克里姆林宫的“自动电话”，分别放在不同的地方），似乎是在等待着，同时又害怕听到可怕的新消息。
（未完待续）