时间终于来到午夜，造物主露出了胜利的笑容：“我得说，你给我留下了深刻印象。无论你是人类还是智能，你都掌握了强大的力量，但是很可惜这是我的地盘。”
黄超做了一个倾听的动作，示意他继续往下说。造物主在这胜利的时刻谈性大发，他要让黄超明白自己是怎么死的。于是他详细说道：“你之前侵入矩阵的方式很巧妙，然而你并不知道矩阵重启的力量。你会失去一切，而我将带着全新的力量归来。”
他温和地笑道：“我会把你的复制品收集到矩阵中，你的算**成为矩阵的一部分。那么，我们再见了。”
黄超点头说道：“再见。”
造物主哈哈一笑，在这预定的时间，明亮的光芒充满了矩阵所有角落，就像是天国来到地面。矩阵被强行重启，没有救世主带回的源码，但是先知之前收集的异能儿童也补充了一部分。这次矩阵重启没有实现本来目的，但最重要的是，一切被重构，两个人在这霎那都对矩阵失去掌握。
造物主逃离了万物之源这个牢笼。他的意识降临到机械城市之中，许多小机器人组成他巨大的人脸：“该死，华国竟然……”
蓝色的闪光笼罩了这座城市。三个方向，同时爆发出电磁脉冲的明亮光晕，华国最顶级的电磁攻击舰系列，幽州号、凉州号和荆州号在三个方向释放了最强量级的电磁脉冲，在那一瞬间，机械城市的时间似乎暂停了。所有移动的物体都陷入了停顿。
然后就是如雨般坠落。乌贼、机械手、人类电池管理者，一切机械造物都失去活力，轰然砸落在地面。
机械大帝的意志逃出矩阵，他为了集合力量，把自己的意志都撤出矩阵，他准备收集力量与黄超决一死战。这相当于他“换气”的关口，正是所谓“旧力已尽新力未生”，然后他被电磁脉冲正面轰击了。
他的意识近乎破碎，但是矩阵中奇特的能量让他没有完全衰亡。黄超感知到这一幕，知道人类精神的喂养，已经让他具有了幻想生物的属性，它不只是一个程序。所以当所有电路都损毁时，他还有自由意志在挣扎。
“再见。”黄超重复说道。他的精神凝结如剑，此刻的造物主是精神存在，他的意志被黄超剑意完全粉碎。一种精神攻击的绝学，对付电脑程序衍生的精神相当轻松。虽然造物主程序很强大，但那与他“精神”强度无关。
机器人智能程序彻底毁灭，锡安人的预言已经实现：战争在今夜结束了。这是一个彻底的消灭，矩阵圈进了绝大多数智能，而现在他们全被黄超转为自身精神显化，最强大的人工智能已经被黄超彻底消除，他的程序，也被黄超的超级智能覆盖。
矩阵重启了。黄超的计算能力无限扩大，他几乎要迷失自我，一个模拟二十世纪末的完整世界，全部被他所有，里面的根源程序全部联系到他的超级智能之中。