外面的人已经无法解码，但是他们猜到一件事：尼奥消灭了一个特工！船舱里响起一片欢呼，这意味着尼奥真的是救世主，他已经开始做出“奇迹”的事情。
黄超的精神附着在史密斯的程序碎片，沉入了世界表象之下的大循环中。在这里程序碎片应该消失，然而史密斯的程序碎片，却在某种“意外因素”的作用下开始重组了。
“尼奥怎么了，他为什么站住不动？”外面的人焦急地看着黄超，现在编码恢复正常，黄超所在的地铁站台只剩下他一个人。
黄超站立不动，生灵空间内部的运算核心已经运转到极限，他追踪史密斯的残片到达了矩阵最深处，这是程序起源的初级编码，这是智能的起源。黄超所在的位置，空间突然发生了一阵波动，墙壁显出水波一样的起伏。一张破旧报纸飞了过去，下一秒，一章同样的破报纸飞了过去。
这片空间已经不稳定了。黄超的眼中闪动着不同的神采。生灵空间中，计算核心在发出一声轻微的爆鸣，内部有淡淡的烟雾渗出，计算核心已经失灵了。
黄超没有停止，现在他已经不需要这个外置辅助设备。矩阵是一个共用的程序世界，这里没有一个完整的掌握者，造物主没有全能的实力，否则他根本不必被“异常因素”困扰。
在大量人类精神注入后，这个世界已经有了自由不可控的特质，那是所谓“自由意志”。这完全是为了让主角能赢，得益于这些帮助主角的设定，黄超在程序深处，展开了自己的精神世界。
这本来就是一个虚无的空间，精神没有极限，解放心灵就可以不受世界束缚。而黄超的能力，更是与这里高度适应，一个史密斯正在形成，黄超分出的心神，再次改造了一个躯壳，站在站台的黄超露出一点微笑。
他醒了过来，和外面的人取得联系，退出了矩阵，但是他还和矩阵世界紧密相连，他的精神跟随代码的转化，一份意念把自己整容为史密斯，而其他精神力量，开始覆盖矩阵的世界。
黄超在头脑特工队曾经有过一个精神世界，现在他解放心灵，将它重新释放出来了。精神力开始演化世界，在这个过程中，它正在吸收矩阵的营养。
现在的黄超，就像是一边走路一边玩手机，分心数用对他来说，太常见了，但这跟意识分裂完全不同。黄超只有一个意志，如果说普通人都在玩单人动作冒险游戏，一次用一个人物，黄超现在就是在玩多人策略游戏，他操控了数个人物，但玩家也不会因此精神分裂。
真实黄超再次分裂，外界黄超睁开了眼睛，他露出淡淡的笑容：“很好，我们大家都没事。”
黄超在船上受到了热烈欢迎，拉皮条的小子和怪声怪气的叛徒挂了，船上的气氛变得比以前还和谐。
然后他们开始拯救人类，把那些意识到矩阵世界的人接到隐秘地点，然后给他们吃药，他们就会退出矩阵，被外面的接应者接走。黄超负责处理一切意外。