就在龙谦连日研究军队整编的时候，全**事局势再起变化。
10月9日，西南传来好消息。
第二师出广西后没有先定贵州而是先进云南，是因为就军事力量而言，云南强于贵州。另外，受孙文在两广武装反清的影响，云南的同盟会反清势力也较强。云南籍留日学生大批加入了同盟会，比较著名的有杨振鸿、罗佩金、唐继尧、叶荃等，这些人回国后大批发展同盟会势力，使得云南成为政治上倾向孙文的省份之一。西南诸省中，云南的军事力量也是比较强的，在1909年初，云南已成立了新军第十九镇，辖三十七、三十八两协四标，虽然装备训练比起北洋六镇差得多，但毕竟是一直成建制的军队了。
龙谦率第五镇进占两广后，即命情报处加强对云南的工作。在1908年初即组建了昆明站，开始了对云南各派力量的调查和渗透。而龙谦平息了新宁之乱，起兵反清后，反复指示经略西南的第二师要稳扎稳打，先切实控制广西后再西进云南。所以，在山东、北方两军捷报飞传，南方军主力势如破竹北伐的情势下，第二师（当时只有一个完整的建制旅）一直停在广西，一面招降清剿广西清军，一面组建训练第六旅，第一师打下长沙，第二师尚在广西停步不前。
长沙之战后，第四旅归建。蓝心治上报了进军西南的计划：集中第二师主力自广西挺进云南，先不管贵州，第一步解决云南问题。而第四旅不必折返广西而是自长沙西进，经湘西叩四川之大门，相机夺取重庆。第四旅的任务不是攻略四川，而是牵制西南。为师主力夺取云南创造条件。
该计划经总部反复研究后批准。但龙谦署名的电报指示蓝心治，就军事而言，第二师主力两个步兵旅加上师直属部队并不战局绝对的优势，尤其要考虑第六旅这支刚组建的部队严重缺乏战争的考验。不堪大用。还要考虑周冯事件后对第二师的影响，加上过于遥远的后勤补给路程。军事解决云南的难度是很大的。但云南问题的核心不在于军事，而在于政治。要善于利用蒙山军全国范围内大胜的声势，并且将这种声势发挥到最大。促使其内部发生有利于我们的变化，要相信。云南的地方势力（主要是满清势力）及同盟会势力在全国局势巨变的情况下是会产生动摇的，要促成这种动摇，以利于军事上的迅速解决。龙谦特别强调，不管什么人，只要愿意与蒙山军合作，一概给予团结，委以重任。
龙谦几次跟司徒均、曹敏忠等人谈起对第二师的担心。其中就有对蓝心治独领一军的担忧。但彼时别无他策了。不过。蓝心治在平定西南的过程中打消了龙谦的疑虑，这是他出任西南军区司令官的主要因素。
跟蒙山军高层预料的一样，南方军夺取长沙后，云南终于乱了。七十四标统罗佩金、二营管带刘存厚、一营管带唐继尧。七十三标三营管带李鸿祥，炮十九标管带刘云峰等利用蒙山军的声势发动了昆明事变，杀死了十九镇统制官，夺取了昆明城，云贵总督等满清高官乘乱逃走，云南成立了军政府，罗佩金为都督，云南脱离满清宣告独立。
按说云南起义后应当在政治上表态站队的，支持同盟会还是蒙山军？必须做出明确的选择。但奇怪的是云南军政府一直没有这样做，令蒙山军总部十分的不解。当时龙谦生病，王之峰自作主张派员携了伪造龙谦签名的信函到昆明，转交都督罗佩金，希望云南加入蒙山军阵营。王之峰这样做是征求了司徒均意见的，司徒均当时被龙谦的病吓坏了，觉得这样做也无所谓，没什么后遗症。等情报处特使去了昆明听了昆明站的介绍，方晓得云南在独立后分成了两派，一派以罗佩金为首，坚决支持孙文的民党，这不奇怪，本来他们就是同盟会嘛。另一派以唐继尧、刘存厚为首，却认为蒙山军大势已成，决不能与蒙山军为敌。两派谁也说不服谁，越谈越僵，渐有火并之势。
这大概就是云南虽然独立，但却在政治态度上模棱两可的缘故。
于是，特使找上了刘存厚和唐继尧，给他们看了伪造龙谦签名的信函，表示既然罗佩金不识大体，蒙山军总部一定支持刘、唐二人，希望他们切实控制手里的军队，待蒙山军第二师逼近昆明时做策应，将来自然跑不了开国元勋的待遇。
刘存厚和唐继尧自然非常高兴。表示一定按照龙大帅的指示办事。这个时候，封国柱已经取得了汀泗战役的胜利，武昌指日可下。刘存厚及唐继尧正想怎么联络蒙山军呢。现在龙谦的人带来了他的亲笔信，自然让决定改换阵营的刘、唐等人十分欣喜。
待第二师进入云南，逼近昆明，唐继尧和刘存厚设计，以大敌当前，云南部队应精诚团结共度时艰为由，邀请罗佩金、刘云峰等人到唐继尧家里商议大局。罗佩金不虞有诈，不听刘云峰劝告欣然赴会，被扣。唐继尧本来是要杀掉罗佩金的，但刘存厚不忍，只是将人给扣了下来。于是忠于唐、刘的部队猝然发难，包围罗佩金、李鸿祥的部队，将其强行缴械。然后派出联络官，引导第二师第五旅进入了昆明城。
蒙山军不战而平定云南。整个事件蓝心治第二师没有战死一人，倒是云南部队死了十几个，李鸿祥在事件中被杀。
这是10月8日的事。消息传至北京已是次日了。刚妥善解决北洋军改编的龙谦闻报大喜，立即以蒙山军总部的名义授予云南起义部队第二十二师的番号，任命唐继尧为第二十二师师长，刘存厚为云南都督。
这样凭空又多了一个师。尽管这个师的实力尚不清楚，更不能马上使用。但第二师主力兵不血刃解决云南，使得兵力本来捉襟见肘的西南方面立即变得宽裕起来。即使预定投放四川的曹锟第十三师不上去，第二师已有余力进军贵州，从南面威胁四川，促其转变了。
此时。挺进湘西的第四旅沿辰州、永顺已至酉阳。一路上倒是打了几仗，当地的防营怎么会是正规军的对手？第四旅目前已经进入川东。在酉阳、石柱间休整，准备向重庆进军。留守武昌统揽南方战局的司徒均下令第四旅暂缓前进，他认为云南问题解决后，贵州已是囊中之物。命令进入昆明的蓝心治相机派出不少于一个旅的部队北进贵州。逼迫四川做出最后的站队。
现在西南问题只剩了一个四川了。司徒均自武昌连发电报，建议在武昌补充休整的第三旅结束休整，沿长江西进，接应第二师向四川的进军。
此时各大军区已经成立，军区配属部队已经明确，但司徒均似乎不等曹锟师南下了，认为依靠原南方军现有兵力即可解决四川问题了。
在北京的龙谦将司徒均的电报转给了蓝心治。蓝心治迅速回电。不同意总参的意见，认为目前第二师主力仍需留驻云南，其第五旅可以北出贵州，但驻武昌之第三旅在东南问题尚未彻底解决。黎元洪第十四师未曾整编南下两广前不可轻动，建议曹锟之十三师立即南下，归西南军区直接指挥。即使曹师不能全师出动，至少应在数日内先期开动一个旅，该旅乘火车抵汉口后，立即装船，逆长江而上，攻击四川。此为万全之策。
龙谦同意蓝心治的意见。这份电报巩固了蓝心治的地位，龙谦认为其具备一个战区司令应有的全局观念。于是龙谦亲自拟写了关于西南战局的电文，发西南军区的同时转总参，强调西南问题应稳步解决，不可存了毕其功于一役的想法。
龙谦再次召见尚未返回衡水大营的曹锟，介绍了西南局势并转达了西南军区司令官蓝心治对使用十三师的意见后询问曹锟，可否在七至十日内完成一个旅的整编并统军南下？曹锟表示可以。提出了以原第三镇改编为十三师第三十七旅的意见，建议吴佩孚统领该旅先期北上，以完成总部对四川的军事计划。但曹锟提出了对原第三镇两个协统的安排要求，龙谦答应了曹锟的要求，答应将二人调回总部侯用，但龙谦强调三十七旅南下曹锟应当亲自统率，三十八旅及师部的组建，曹锟可委托蔡锷实施，具体问题可以电报指示。
曹锟领命后当日便与蔡、吴二人离京返回了衡水。
安顿了西南，龙谦将目光转向了西北。