与此相应，实践中政法委员会、尤其是基层政法委员会干预司法的情况日趋严重。由于政法委的活动缺乏法律和程序依据，它的活动主要由书记说了算，因此，它的第一把手由谁担任就特别值得注意。在实践中，政法委书记通常由公安局长担任,在这一体制下，实际上使法院、检察院成为公安的下属机构，是向一九六一年规定的公检法“三家合一”制度的回归，造成事实上的公*安领导法院检察院。
政法委的存在在特定的时期起到了特定的作用，但这样一再加强政法委的权力和公*安的权限，带来的负面影响也是不容小视，特别是从看远看，这样的负面影响特别大。
一再加强政法委的权力目的是为了维稳，而事实上加强政法委的权力其实也是在破坏稳定，加强政法委的权力，这就涉及到法院与地方党委，尤其是书记和政法委书记的关系问题，比如党委负责人，尤其是党委的政法委书记，现在各地一些做法，似乎是让地方党委来自主决定解决纠纷是依照法律规定办还是按他们的意愿办。因为，不少地方的党委领导人，往往是当他们感到法律的规定与自己的意愿不合时，就让法院把法律的相关规定丢在一边，可以插手个案办理、先定后审，让法院审理形同演戏走过场。
在政法委书记与公安首脑两职合一的情况下，办理重要刑事往往是警方主导法院的审理结果。在有些地方，如果地方党委书记特别缺乏法治意识，他们甚至可以和尚打伞，无法无天，让法院近乎完全按照他们的意志或指示办案，地方对司法个案的干预，几乎从来不是开党委会或常委会讨论决定的，几乎都是其负责人个人或其下属的政法委决定的，这在形式上就连地方党委的领导都算不上，更谈不上党的领导，谈不上依照法律规定独立行使审判权，冤假错案在所难免，一些重大的冤案背后往往就是这样协调讨论出来的，还有劳教制度被越来越宽泛的、随意执行，造成极为不良的影响。
审级独立不独立，即上级法院不得左右下级法院的裁判。其实，我国宪法的规定在这方面是比较接近其他法治国家的。按照我国宪法，上下级法院之间是监督与被监督关系，不是领导与被领导关系。上级法院不应干预下级法院依照法律的规定裁判案件。但可惜这一点基本上没有得到贯彻，在实践中把国家上下级审判机关之间的监督与被监督关系逐步扭曲成了国家行政机关之间的领导与被领导关系，使地方各级法院的审级独立受到了近乎毁灭性的破坏。以致最高法院、高级法院动辄向下发文件、发指令，或由政法委领导人、法院院长出面发表讲话，向各级法院和法官提各种要求。其后果之一。是各级法院在很大程度上已不再是依照法律规定独立行使审判权。而是按照内部文件、指示、指令、领导讲话和甚至暗示行使审判权。
而法院和其他国家机关的关系，宪法让法院依照法律规定独立行使审判权，不受行政机关干涉。但行政机关事实上管着法院的人事编制，管着它的财务预算的编制，这实际上是给行政机关干预司法提供了一种客观条件。
这也给了讲人情、讲关系、权力寻租极大的空间，甚至在有的地方，决定一个案子的成败不在于你是否占据法理。而是找不到得到关系，或者关系够不够硬，导致严重的司法腐*败。
而这样的另一个严重后果是直接导致司法的权威和公信力急剧下降，特别是在经济社会日益增多，涉诉案件逐年猛增，冤假错案的当事人要上*访，就算不是冤家错案。而是根据事实作出判决，自己怀疑被冤枉的当事人也会上*访——因为他们对判决缺乏基本的信任。
这也是这些年涉诉上*访成为和拆迁上访并列的两大上*访主体，并有愈演愈烈的趋势，到后面，维稳工作成为很多地方的重点工作。下到村镇、居委会、街道办，上到县市，无不耗费大量人力财力进行来解决上访问题，事实上只是把人暂时拦住，这些人员没有解决问题的职权，自然很难把问题真正解决，事实上难以收到明显的效果，甚至还因为上级的高压政策而采取诸如被精神病，随意劳教、殴打等等过激手段，而引起舆论的哗然。
更为严重的是在压缩到一定时间后又会强力反弹，让各级政府疲于应付不说，又会产生很多问题，治标都治不了，更谈不上治本了，前面的事情没有解决，后面又在持续发生，这样的状况暗藏着对社会稳定的威胁。社会没有一个中立的、有威信的仲裁机构，如果没有有公信力、有权威的司法在冲突双方或各方居中裁判，各种纠纷就很难最终得到解决，这样积累下去时一件相当危险的事情。
作为一个领导干部，特别是高级领导干部，对于一些重大的问题不能人云亦云，而是应该有自己独立的判断和一个基于长远发展和全局高度对有些事情深入思考，要尽可能的想得长远一些，想得周全一些，这是一个高级领导干部应具备的一个重要素质。
在陆政东看来，虽然加强政法委的权力在短时间可以起到一定的效果，但从长远来看，有种饮鸩止渴的感觉。
还是要坚定不移的走依法治国的路子，必须得是在党的领导之下做到尊重最根本的**——宪法，这是最基本的一点，连这一点都做不到，更谈不上其他料。
而权力越来越大的政法委在这一点上地位非常尴尬，现实中的政法委显然和宪法规定的审判不受干涉是背道而驰的。
这实际上也是如何理解党的理解的一个问题，党已经领导全国人大及其常委会把自己的各种重要主张都写进了宪法和法律，这就在法律生活领域实现了其政治领导。因此，法院严格适用法律就是落实党的领导。另外，各级法院组成人员都是执政党推荐给相关人大选举或循宪法规定的路径推荐给人大常委会任命的，这就实现了党对司法的组织领导，党的这些领导方式已成政治制度，再在其上增加一个强大的政法委，这看似加强党的领导，实际随着政法委的不断扩权，特别是当它事实上成为政府以上的政府，法院以上的法院。各地在维稳的旗号下埋下了更大社会稳定的隐患，实际上有时候起的作用是相反的。
在陆政东看来，这些年在司法上还是实施了很多改革，也有很大进步，不过随着时代的发展，这还显得不够，政法委的削权是司法改革，司法树立威信和公信力的必然选择，也是最大和最容易的一个突破口，然后才谈得上审判制度的改革，当然这也需要有一个认识的过程，需要一个契机，这还需要七八年到十年的时间。
在这样的时机没到之前作为专家学者这些可以讲，而作为政府官员还是高级领导谈这个事不合适的，搞不好就会被一些人给扣上一顶“否定党的领导”的大帽子，但即便是这样也不是不能有所作为，这样的事情只适合做，而不能讲，比如在依法行政方面，他也可以推出一些措施，比如也可以和政法委书记邱忠浩谈一谈，让其尽可能的减少对案件审判的干涉，当然也不能脱离眼下的大环境和实际的情况，让邱忠浩从队伍建设，制度建设、严肃执法纪律以及人员调整来显示政法委的领导……