远在武昌的郑克臧并不知道巴达维亚发生的一切，因此基于持续威慑日本的目的，他遂于武成四年二月十五日正式下达了对水师的改组命令。
根据这道命令，除长江内河水师、西洋水师珠江舰队、西洋水师金兰舰队湄公河分舰队等内河水师舰队以外的夏军水师按海域分布正式编组为北国、浙海、闽台和西洋四支水师。
负责日本、朝鲜、海东及渤海湾海域巡航任务的北国水师下辖第一巡航舰队、第三巡航舰队、第一信报船舰队、第一军输船舰队和虾夷地分遣队。
其中第一、第三巡航舰队各编有三个标准巡航船分舰队，每个标准巡航船分舰队下辖巡航船四只及信报船两只；第一信报船舰队亦编制有三个标准信报船分舰队，每个信报船标准分舰队下辖信报船四只；第一军输船舰队则编制四个标准军输船分舰队，每个军输船分舰队下辖一万五千料大小的混合样式运输船两只；虾夷地分遣队系由北国水师下属的各舰队抽调舰船组成，负责津轻海峡以北直至苦无岛附近北辽海的巡航任务，另外虾夷地船场建造的舰船也会暂时编入该分遣队进行海试。
除了舰队的部分，北国水师还下辖济县、福江、虾夷地等三个镇守府和龙骧军第四师。
夏军水师镇守府的编制都大同小异，一般都编制一支拥有轻型快帆信报船、老式戎克船、桨帆船及小型快舸、长龙在内各种杂式船只的港口特务舰队以及用于守备炮垒、承担港口防务、维持各舰队缁补的伏波军一部。当然，虾夷地镇守府与虾夷地都护府并非一回事，一个是水师港区管理机构，另一个则是殖民地行政当局，两者不可混淆一谈。
至于龙骧军第四师则主要驻扎在济县西归浦港、福江县有川港、日本对马藩严原港、朝鲜海州港以及北朝鲜的南浦港——北朝鲜的南浦港因为深入敌境，所以仅有不到一团兵马扼守互市商港外的棱堡区；严原港的驻军则是用来震慑当地倭人，给新近接收对马的田川家撑腰的，所以也不过只有半团；有川港方面只来得及规划了驻军营地并无无实质性的兵马入驻；该师主力两个多旅依旧分别驻守海州和西归浦，以应对各个方面可能出现的危机。
负责扼守长江门户及舟山、福宁列岛并协防琉球的浙海水师下辖第一巡洋舰队、第二巡洋舰队、第四巡航舰队、第二信报船舰队、第三军输船舰队、第六军输船舰队和琉球分遣队。
其中第一、第二巡洋舰队各编制三个标准巡洋舰分舰队，每个标准巡洋舰分舰队下辖各型巡洋舰两只及信报船两只；第四巡航舰队下辖四个标准巡航船分舰队；第二信报船舰队编制三个标准信报船分舰队；第三军输船舰队编制三个标准分舰队；第六军输船舰队编制四个标准分舰队；琉球分遣队则由上述各部抽掉舰船、兵力组成，负责巡航北至日本萨摩南到东宁基隆的整片琉球海域，三都澳船场建造的新船也会暂时编入该分舰队进行海试。
除了上述舰队以外，浙海水师还代管水师大学堂下属训练舰队。水师大学堂训练舰队包括信报船分舰队、戎克捕鲸船分舰队、近海运输船分舰队、桨划船分舰队等，主要负责在外洋海域训练新晋水师武官和部分水师官兵。
浙海水师另外还下属崇明镇守府、大衢山镇守府、三都澳镇守府和龙骧军第一师，其中龙骧军第一师第一旅驻宁波、第二旅驻嘉兴、第三旅驻太仓、师统制部和师直属团哨驻松江。
负责福建、东宁、潮州沿海及东沙、中沙、南沙并纳闽、长岛诸海域巡航的闽台水师下属第三、第四巡洋舰队、第五巡航舰队、第六巡航舰队、第四信报船队、第二军输船队、第四军输船队和纳闽分遣队。
其中第三、第四巡洋舰队与第一、第二巡洋舰队一样各编制三个标准巡洋舰分舰队；第五、第六巡航舰队则各辖三个标准巡航船分舰队；第四信报船队下辖两个标准信报船分舰队；第二、第四军输船队各辖三个标准军输船分舰队；纳闽分遣队则由上述各部抽调舰船、人员组成，负责纳闽、长岛、南沙、中沙等北婆罗洲附近海域巡航任务。