决战当日，施琅将所部分为四个部分。中路共有五十六艘大型战船，分为八队，每队有七艘船，由施琅亲自指挥，作为主力进攻娘妈宫。右路由朱天贵指挥，共辖有五十艘战船，从东莳攻入鸡笼屿、四角屿，之后会合中央部队夹攻郑军。左路由林贤指挥，也有五十艘船，计划从内堑攻入牛心湾，让郑军误判清军要在此地登陆。另外施琅还将八十艘较小的广船、鸟船组成预备队，随时准备增援各路清军。
在发现了清军的动态后，刘国轩当即作出了调整，以江胜所部应对数量较多的中路清军，以陈谅部对付内堑洋面之敌，以邱辉和陈启明两部合力对方出现在鸡笼屿、四角屿海面上的清军，刘国轩则亲率大舰作为预备队并视各个方向的战况予以增援。
明郑方面的目的当然很明确，那在诸岛炮台的掩护下挡住清军大部，先集中力量吃掉清军一翼进而席卷全军，在敌众我寡的形势下，不能不说，这个方略是正确。
双方的战斗很快就打响了，这一天恰逢海上刮起了台风，辰时（7时—9时）左右受台风影响，海上吹的是西北风，郑军凭借着顺风一时占据优势，清军左路李贤部和中路施琅本部为实力相差不大的郑军所阻挠，根本无力突破郑军的海上防御。
右路战场上则出现了一个戏剧性的场面，作为郑军水师前锋的丘辉和林应为儿女亲家，而林应和朱天贵也是儿女亲家，大家又都为明郑的旧日同僚，有这层关系，两船相对的时候，朱天贵站于坐船尾楼上高声大呼“亲家”不止。
当然朱天贵的意思可能是想在战场上招降了邱辉，但脾气火爆的丘辉却对这个叛徒痛恨不已，当即咬牙切齿回应道：“叛贼！背义之人，天所不容！”
说罢，邱辉即令舵工转舵，发炮，说来也神了，这个时代的火炮从来就是概率杀伤从来没有能精确制导的，但这一炮恰恰打准了，朱天贵猝不及防正好被命中了肋部，当即骨断筋糜血流不止，几息之后便死在船中。
朱天贵的死让右路清军失去了指挥，而郑军上下则士气大振，双方炮来枪往，一时间喊杀声震动天宇，不一会海面上就到处是燃烧的战船和浮起的尸首。
战至午时，清军损失战船三十余艘，其中主要都是右路的损失。正当胜利的天平倾向与明郑方面的时候，台风受到赤道锋面带的影响，海上开始转吹起了南风，风向的骤变让原来顺风作战的郑军顿时陷入了被动的局面。
“杀！”邱辉用力的砍到一名清军，拄着刀办跪在甲板上喘气的他环首四顾，只见四周的郑军舰船不是已经沉没就是跟清军战船相撞一起，双方正在船面上捉对厮杀。“来人，瑞海号靠过去。”然而他的命令却没有人回答。“都死绝了吗？”邱辉咒骂着，踉踉跄跄的向船舵的方向上走过。“马狗子。”副将马青的胸膛上插着一把刀。“谢二牛。”监理谢春霖的头和身子已然分开。“真是死绝了??????”
邱辉还待找出一个活口来，却没曾想船身一震，他举首望去，一艘广船穿过烟雾缭绕的海面撞了上来，他揉了揉眼睛，只见十几名清军跳帮过来，邱辉大笑起来：“好，好，好，临死还能抓两个垫背，这样黄泉路上也不孤单了??????”
说罢，他从边上的尸首上拔起一杆大枪猛的掷了过去，当头的清兵忙用手中的武器去格挡，但势大力沉的长枪却没有彻底被搁开，斜斜的从他肩部掠过，在带走一大块血肉的同时，也让他暂时丧失了战斗力。
清兵还在惨叫着，邱辉却冲了上来，原本手中的倭刀已经起卷了，此刻他是用的随手捡起的两柄柴斧。原本用来砍断缆绳、清理破损舱室的柴斧并不锋利，但在邱辉手里却掀起一道腥风血雨。清军想用单刀来架，却只是一斧头就被砸断了，清军想用枪来扎，邱辉拼着皮肉伤也要抡圆了横砍过去。宛如疯虎一般的邱辉左突右挡着，很快就把跳板过来的清军斩杀一空。不过代价也是高昂的，大腿上一处，手臂上一处，背后还有一处，三处伤口涌出的泊泊鲜血，让邱辉在头晕目眩中丧失了继续战斗的能力。