一开始日月帝国和日月神教的头领其实都是同一人，日月帝国皇帝同样也是日月神教的教皇，但在日月史称“血月政变“的事件后，野心勃勃的日月神教元老孔耀，伙同日月帝国皇帝的弟弟，天命亲王徐子应推翻了当时日月帝国皇室徐云海的统治，并分别当上了日月神教的教皇和日月帝国的皇帝。
但随即一系列的利益冲突又使得二人反目成仇，相互开始对抗，而最终的结果却是以日月神教教皇孔耀的胜利而告终，只不过徐子应虽然失败，但元气依旧尚存，再加上当时徐子应的支持者依旧众多，所以孔耀也不敢有什么过于激进的举措。
只不过随着后来的发展，日月帝国皇帝的很多权力开始被日月神教的历代教皇所把控，虽然皇帝依旧保留了很大一部分权力，但这也同时标志着教会的神权已经正是压上了皇权一筹，日月帝国也逐渐由此进入到了“暗黑纪元”。
这是一个充满了血腥与恐怖的时代，教会与保守派的旧贵族联手把持权力，大量因为反对或被诬陷为反对教会的人被监禁和屠杀，大量古代典籍和藏书因被打上了“反对教会”的名号被焚毁，每天都有无数人被神职人员和宗教狂热分子裁夺审判，严刑拷打，残酷迫害。
由于民众的思想遭到禁锢，所以反抗者并不多，而且过于分散，很难成气候，此时看上去教会的统治已经彻底被稳固下来，再也没有势力可以违逆！
而此时的神职人员也觉得已经高枕无忧，仿佛再也没有什么可以威胁到自己至高无上的权力。但殊不知，一个新兴的阶级，将在一场大革命运动中趁势而起，并彻底颠覆至高无上神权。
自日月历2695年起，随着日月帝国魂导科技的发展和与各行业知识的普及，日月帝国的生产力开始出现逐步的增长，随之而来的经济发展也进入了黄金时期，在这个过程中，一群把持着先进生产资料与魂导科技，并以此牟利的大商贾和新贵族开始崛起。
由于无论是学识还是思想，这些人都比一般的平民百姓更加超前，所以他们的思想也更加开放，一直以来，他们暗中鼓励着私有财产和知识产权的保护，反对神权教会对民众思想的禁锢和对私有财产和知识的随意掠夺，提倡思维发展与先进教育，倡导文化，艺术，科技等方面的探索与创新。
随着时代的发展，他们宣传的理念被越来越多的日月帝国民众信奉和支持，这次思想启蒙运动在日月史上也被称为“思潮大解放”。而这群通过商业资本与生产资料牟利的阶级，有着一个所有人都耳熟能详名字：资产阶级。
由于他们宣传的思想理念与教会一直以来宣传的保守传统思想不符，因此这些人自然遭到了来自教会上层的打压和惩处。
不过很可惜，由于教皇底层的腐败和愚笨，绝大多数神职人员在被大商贾和新贵族一通忽悠以金钱等利益的诱惑下，对这些行为睁一只眼闭一只眼，放任自流，欺上瞒下，以至于教会上层在很长一段时间里都被蒙在鼓里。
直到教廷彻底意识到了问题的严重时，这些大商贾和新贵族早已成了气候，甚至更令教会难以接受的，是这些家伙的存在背后的最大的头领居然就是一直处在自己眼皮底下的监视的皇帝和反对日月神教统治的皇室成员！讽刺的是，此时的皇室甚至早已暗中发展出了日月帝国最大的商人集团！并且一直暗中与教会势力做着斗争！
随及教会立即开始采取一系列行动，包括没收商人财产，打压商业活动，打砸商人店铺，逮捕审判反对教会的商人等。而这些大商贾，新贵族以及反抗教会的皇室成员所组成的新兴资产阶级也并未坐以待毙，而是同样开始采取一系列手段反制教会的行动。
双方的矛盾不断激化，斗争很快就到达了白热化的程度，就只剩下最后一把火，就会彻底点燃这场恐怖血腥的全面战争！而这把火很快就到来了！
日月历3758年8月16日，一个注定载入史册的日子！就在这一天，以大主教迪伦和黑月亲王孔拉法为首的神教军攻击并占领了位于星云城的星云商会总部，杀害逮捕了包括星云商会副会长在内的五千多名星云商会的成员，历史上称此次事件为“星云城事变”。
所幸星云商会会长叶南天当时不在星云城，这才逃过了一劫，随及得知消息的叶南天和其他商会大惊，立刻对日月神教提出严正抗议！但日月神教对此充耳不闻，反而命令所有支持教会的势力立刻率领神教军讨伐抗议者，并逮捕日月帝国包括皇帝在内的反抗人员！
日月帝国皇帝，其他大商贾，新贵族也明白二者关系已经彻底破裂，随及立刻对日月神教宣战，并迅速集结起商会的私人武装护卫，招募的雇佣兵，新贵族手里的正规军以及其他拥护皇帝的武装部队共同组成“保皇军”，对抗以教会为首的神教军！至此，日月帝国历史上赫赫有名的“神皇战争”彻底爆发。