一切准备妥当之后，霹雳军船队便顺水南下了。上午出发，中午时分便已远远望见了彭山城。城头的蒙军望见了浩浩荡荡的霹雳军船队，自然是乱作一团。此时彭山城中积水尚及脚踝，低洼处还漂浮着烂木头、烂衣服等杂物，间或还有淹死的老鼠等小动物，在夏日的高温下散发着恶臭。在洪水来临之前，城中原本有一千新附军和三百蒙古骑兵，墙头有二十余门火炮，还有二百余艘小型战船，在霹雳军重型炮船无法前来的情况下，并不太怵霹雳军。洪水来时，蒙古骑兵仗着马快，大多数逃往了高处，少数未及逃走的骑兵，也在水势退后被同伴接走，因为城中发生了瘟疫。正因为如此，蒙古人才不允许新附军一同前往高处避水地，以防将他们一并传染。
大洪水翻起深埋在土壤中的病菌，这也是灾后多发瘟疫的原因。被困守在城墙之上的彭山城兵民由于干渴难捱，喝了污浊的泥水自然会生病，纷纷上吐下泻。此时城中本已不多的百姓在病饿之下，仅剩不到五百人。新附军士兵由于皆是壮年抗病力强只死了不足百人，不过大多数人都被折磨得不轻，不少人连走路也摇摇晃晃，哪里能拿武器作战？在这些守城的新附军看来，此时霹雳军来攻打，便是“趁我病，要我命”！
既然打不过，为何不逃？那是因为蒙古人根本不允许他们不战而逃。城外的道路满是泥泞，走不了多远便会被蒙古人的骑兵追上行使军法。城中新附军相当部分是水军，只不过由于水寨被洪水冲毁，停泊的大部分船只已不知去向，少量的船只也无法在霹雳军水军的追击下顺利渡河。虽然陷入困境，但这些新附军仍不肯束手就擒。这些汉奸投降蒙军的原因虽然各不相同，但共同点都是贪生怕死贪图享乐。在他们看来，虽然做蒙古人的走狗备受歧视，但终归能捞着些残羹剩饭，运气好还能吃香喝辣，这种日子总胜过在霹雳军暗无天日的矿洞服苦役。
城中的新附军不肯投降，一方面是他们幻想着蒙古人出兵来援。这彭山城实在太重要，往北能进逼新津城，往东则通联成都城，往南则可通过眉州、嘉定直下大江，蒙军即便不救他们，也不会轻易放弃这一战略要地。另一方面虽然现在城中食水缺乏疾病流行，但城防并未遭到损毁。凭着城头上保存完好的二十门火炮，仍有一战之力。这些火炮本就部署在城墙上，弹药也及时转移到了城墙之上。在新附军看来，霹雳军包括轻炮船在内的战船多次前来，也在城墙火炮打击之下不得不撤退。只须坚持几日，待援军一到，围城的霹雳军自然会退去。
只不过“理想很丰满，现实很骨感”。城墙上的新附军见霹雳军战船逼近，纷纷调整炮口向河中开火，只不过炮弹都纷纷落到了水中，溅起巨大的水花，并没有伤及霹雳军战船，因为弹着点离霹雳军战船驻锚停靠的河心，还有半里之遥。“来而不往非礼也”，见城头开火，霹雳军战船也迅速调整了阵列。最大的那十艘炮艘缓缓转动，将船舷面对着彭山城墙，接着舷侧窗板开启，露出了一排黑洞洞炮口。紧接着炮口纷纷冒着火光和浓烟，一枚枚实心弹伴着巨大的尖响朝城头飞去。